Celem nowelizowanej ustawy jest przyspieszenie realizacji inwestycji kolejowych. Skrócony zostanie termin wydawania pozwolenia na budowę inwestycji kolejowych. Wpisuje się to w zapowiedź premiera D. Tuska z exposé z 2011 r. o uproszczeniu procedur budowlanych, w tym skróceniu czasu wydawania pozwolenia na budowę.

Zarządca infrastruktury kolejowej (PKP PLK SA) i samorząd terytorialny będą mogły czasowo zająć nieruchomości, których eksploatacja jest niezbędna do budowy, przebudowy i modernizacji infrastruktury kolejowej. Na czasowe zajęcie nieruchomości nie będzie potrzebna zgoda ich właścicieli lub użytkowników wieczystych. Rozwiązanie to zapewni szybszą i sprawniejszą realizację inwestycji kolejowych bez konieczności dokonywania wywłaszczeń.

Zgodnie z założeniami, zarządca infrastruktury kolejowej i samorząd terytorialny uzyskają prawo do nieodpłatnego zajęcia terenów: wód płynących lub dróg publicznych – na czas realizacji inwestycji kolejowej. Zostaną też zobowiązani do wypłaty odszkodowań za ograniczenia w korzystaniu z nieruchomości i spowodowanie szkód w trakcie procesu inwestycyjnego.

Nie będzie też konieczne uzyskiwanie zezwoleń na wycinkę drzew i krzewów na nieruchomościach przeznaczonych pod inwestycje kolejowe. Drewno uzyskane z nieodpłatnej wycinki drzew i krzewów będzie stanowić własność przedsiębiorstwa Państwowe Gospodarstwo Leśne – Lasy Państwowe.

Według założeń, zarządca drogi publicznej będzie miał prawo do opiniowania wniosku dotyczącego ustalenia lokalizacji linii kolejowej – w zakresie w jakim krzyżowałaby się ona z drogą publiczną.

Skrócony zostanie termin wydawania pozwolenia na budowę inwestycji kolejowych – do 45 dni (obecnie jest 65) od daty złożenia wniosku o wydanie decyzji w tej sprawie. Jeśli decyzja nie zostanie wydana w wyznaczonym terminie, to organ wyższy w stosunku do organu decyzyjnego, wymierzy karę 500 zł – za każdy dzień zwłoki. Wpływy z kar mają stanowić dochód budżetu państwa.

Przewidziano rozwiązania wspierające rozwój transportu intermodalnego (kombinowanego). Polega on na łączeniu różnych środków transportu wykorzystywanych do przewozu jednego ładunku – najczęściej transportu samochodowego z kolejowym. Aby zwiększyć liczbę przewozów intermodalnych wprowadzona zostanie ulga w opłacie podstawowej za korzystanie z infrastruktury kolejowej przez przewoźników kolejowych – wykonujących ten rodzaj przewozów. Wprowadzona zostanie definicja „towarowych przewozów intermodalnych”, co umożliwi zarządcy infrastruktury kolejowej rozliczanie tej ulgi.